Columbus es administrada por una Junta Directiva, cuyos miembros son designados por la Asamblea General. La Junta Directiva se compone de 8 miembros, con 4 representantes de universidades europeas y 4 representantes de universidades latinoamericanas. El mandato de cada representante es de 2 años.

La Junta Directiva actúa en nombre de la asociación y asume la más alta responsabilidad política y administrativa de la misma, presenta un informe anual a la Asamblea General y se reúne dos veces al año.

Miembros actuales de la Junta Directiva (2011-2013)

Presidente: Dr. Alberto Uribe Correa
Rector, Universidad de Antioquia, Colombia

Vice-presidente: Ernesto Martínez-Ataz       
ex-Rector Universidad de Castilla La Mancha, España 

Tesorero: Manuel António Assunção
Rector Universidade de Aveiro, Portugal

Gonzalo Rodríguez Villanueva
Rector, Instituto Tecnológico de Sonora – ITSON, México
 
Alvaro Toubes Prata
Rector, Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil

Misael Camus, Rector
Universidad Católica del Norte, Chile